毛细管电泳仪是一类以毛细管为分离通道、以高压直流电场为驱动力的新型液相分离技术。实际上包含电泳、色谱及其交叉内容，它使分析化学得以从微升水平进入纳升水平，并使单细胞分析，乃至单分子分析成为可能。毛细管电泳仪是根据在电解质溶液中，带电粒子在高压电场作用下，以不同的速度定向迁移的现象来达到组分分离的目的。各组分分离后通过检测器进行检测，并根据各组分的迁移时间和响应值进行定性、定量分析。
工作原理：
毛细管两端分别浸入缓冲液中，而缓冲液中分别插入连有高压电源的电极，根据被分离物之间电荷和体积的不同，带电荷分子朝相反极性的电极方向移动。又利用毛细管内壁上的电荷和应用的势能而引起的电解质移动，毛细管内表面带有硅羟基基团，当毛细管内充满缓冲溶液时，毛细管壁上的硅羟基发生解离，生成氢离子溶解在溶液中，这样就使毛细管壁上形成双电层，管壁是负电荷层，溶液是正电荷层。在毛细管的两端加上直流电场后，带正电的溶液就会整体向负极的一端移动，形成了电渗流。无论是带正电、带负电或不带电的粒子，都在电渗流的作用下，向阴极迁移，带正电的，受到同方向的电场力作用，迁移快，不带电的迁移速度次之，带负电的迁移速度慢，从而实现各蛋白组分的分离。
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